RT International Institute tuvo dos áreas bien definidas en su proceso de construcción. La primera fue la remodelación de la casa, y la segunda, la construcción de los dos bunkers que alojan los aceleradores lineales.
Esta última etapa demandó una cuidadosa planificación, ya que su estructura de contención y apoyo se construyó a 7 metros bajo tierra. Dichos bunkers fueron construidos enteramente en hormigón armado de alta densidad, con grosores que oscilaron entre 1.05 y 2.00 metros tanto para muros como para techos y pisos.